Publications Archive

Save lives in the next pandemic: ensure vaccine equity now

  • Carlson, C.
  • Becker, D.
  • Happi, C.
  • O'Donoghue, Z.
  • Oliveira, T. de
  • Oyola, Samuel O.
  • Poisot, T.
  • Seifert, S.
  • Phelan, A.

Metagenomic characterization of poultry cloacal and oropharyngeal swabs in Kenya reveals bacterial pathogens and their antimicrobial resistance genes

  • Panyako, P.M.
  • Ommeh, S.C.
  • Kuria, S.N.
  • Lichoti, J.K.
  • Musina, J.
  • Nair, V.
  • Nene, Vishvanath
  • Munir, M.
  • Oyola, Samuel O.

Metagenomic characterization reveals virus coinfections associated with Newcastle disease virus among poultry in Kenya

  • Panyako, P.M.
  • Ommeh, S.C.
  • Kuria, S.N.
  • Lichoti, J.K.
  • Musina, J.
  • Nair, V.
  • Nene, Vishvanath M.
  • Oyola, Samuel O.
  • Munir, M.

A pan-African pathogen genomics data sharing platform to support disease outbreaks

  • Christoffels, A.
  • Mboowa, G.
  • Heusden, P. van
  • Makhubela, S.
  • Githinji, G.
  • Mwangi, S.
  • Onywera, H.
  • Nnaemeka, N.
  • Amoako, D.G.
  • Olawoye, I.
  • Diallo, A.
  • Mbala-Kingebeni, P.
  • Oyola, Samuel O.
  • Adu, B.
  • Mvelase, C.
  • Ondoa, P.
  • Dratibi, F.A.
  • Sow, A.
  • Gumede, N.
  • Tessema, S.K.
  • Ouma, A.O.
  • Tebeje, Y.K.

Molecular epidemiology and diversity of SARS-CoV-2 in Ethiopia, 2020–2022

  • Sisay, A.
  • Tshiabuila, D.
  • Wyk, S. van
  • Tesfaye, A.
  • Mboowa, G.
  • Oyola, Samuel O.
  • Tesema, S.K.
  • Baxter, C.
  • Martin, D.
  • Lessells, R.
  • Tegally, H.
  • Moir, M.
  • Giandhari, J.
  • Pillay, S.
  • Singh, L.
  • Ramphal, Y.
  • Maharaj, A.
  • Pillay, Y.
  • Naidoo, Y.
  • Ramphal, U.
  • Chabuka, L.
  • Wilkinson, E.
  • Oliveira, T. de
  • Desta, A.F.
  • San, J.E.

Using multiplex amplicon PCR technology to efficiently and timely generate Rift Valley fever virus sequence data for genomic surveillance

  • Juma, John
  • Konongoi, Samson L.
  • Nsengimana, I.
  • Mwangi, Reuben
  • Akoko, James M.
  • Nyamota, Richard
  • Muli, Collins
  • Dobi, Paul O.
  • Kiritu, Edward
  • Osiany, Shebbar
  • Onwong’a, A.A.
  • Gachogo, R.W.
  • Sang, R.
  • Christoffels, A.
  • Roesel, Kristina
  • Bett, Bernard K.
  • Oyola, Samuel O.

Genomic surveillance of Rift Valley fever virus: From sequencing to lineage assignment

  • Juma, John
  • Fonseca, V.
  • Konongoi, Samson L.
  • Heusden, P. van
  • Roesel, Kristina
  • Sang, R.
  • Bett, Bernard K.
  • Christoffels, A.
  • Oliveira, T. de
  • Oyola, Samuel O.

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

  • Tegally, H.
  • San, J.E.
  • Cotten, M.
  • Moir, M.
  • Tegomoh, B.
  • Mboowa, G.
  • Martin, D.P.
  • Baxter, C.
  • Lambisia, A.W.
  • Diallo, A.
  • Amoako, D.G.
  • Diagne, M.M.
  • Sisay, A.
  • Zekri, AN.
  • Gueye, A.S.
  • Sangare, A.K.
  • Ouedraogo, A.S.
  • Sow, A.
  • Musa, A.O.
  • Sesay, A.K.
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  • Fowotade, A.
  • Oluwapelumi, A.O.
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  • Page, A.J.
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  • Maharaj, A.
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  • Loucoubar, C.
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  • Ihekweazu, C.
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  • Tshiabuila, D.
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  • Foster-Nyarko, E.
  • Lusamaki, E.K.
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  • Otieno, E.
  • Shumba, E.
  • Barasa, E.
  • Ahmed, E.B.
  • Ahmed, E.A.
  • Lokilo, E.
  • Mukantwari, E.
  • Philomena, E.
  • Belarbi, E.
  • Simon-Loriere, E.
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  • Manuel, E.
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  • Abdelmoula, F.
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  • Derrar, F.
  • Ajogbasile, F.V.
  • Treurnicht, F.
  • Onikepe, F.
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  • Dratibi, F.A.
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  • Konstantinus, I.S.
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  • Ayei, J.
  • Sonoo, J.
  • Makangara, J.C.
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  • Musyoki, J.
  • Nkurunziza, J.
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  • Morais, J.
  • Kiconco, J.
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  • Odoom, J.K.
  • Morobe, J.M.
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  • Mohammed, K.S.
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  • Singh, L.
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  • Biscornet, L.
  • Oliveira, Martins, L. de
  • Chabuka, L.
  • Olubayo, L.
  • Ojok, L.D.
  • Deng, L.L.
  • Ochola-Oyier, L.I.
  • Tyers, L.
  • Mine, M.
  • Ramuth, M.
  • Mastouri, M.
  • ElHefnawi, M.
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  • Diop, M.
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  • Tatfeng, M.Y.
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  • Top, N.M.
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  • Saasa, N.
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  • Sitharam, N.
  • Ndodo, N.
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  • Iguosadolo, N.
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  • Ogunsanya, O.A.
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  • Ogah, O.E.
  • Oludayo, O.E.
  • Faye, O.
  • Smith-Lawrence, P.
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  • Semanda, P.
  • Oluniyi, P.E.
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  • Okokhere, P.O.
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  • Dussart, P.
  • Bester, P.A.
  • Mbala, P.K.
  • Kaleebu, P.
  • Abechi, P.
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  • Joseph, R.
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  • Essomba, R.G.
  • Ayivor-Djanie, R.
  • Njouom, R.
  • Phillips, R.O.
  • Gorman, R.
  • Kingsley, R.A.
  • Neto Rodrigues, R.M.D.E.S.A.
  • Audu, R.A.
  • Carr, R.A.A.
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  • Masmoudi, S.
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  • Mohamed, S.I.
  • Femi, S.
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  • Kassim, S.K.
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  • Makiala-Mandanda, S.
  • Aryeetey, S.
  • Ahmed, S.S.
  • Ahmed, S.M.
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  • Moyo, S.
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  • Gaseitsiwe, S.
  • Jalloh, S.
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  • Oguntope, S.
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  • Prosolek, S.
  • Ouangraoua, S.
  • Wyk, S. van
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  • Ahuka-Mundeke, S.
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  • Nabadda, S.
  • Behillil, S.
  • Budiaki, S.L.
  • Werf, S. van der
  • Mashe, T.
  • Mohale, T.
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  • Maponga, T.G.
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  • Laurent, Z.R. de
  • Africa Pathogen Genomics Initiative
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  • Gottberg, A. von
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  • Sall, A.A.
  • Oyola, Samuel O.
  • Tebeje, Y.K.
  • Tessema, S.K.
  • Oliveira, T. de
  • Happi, C.
  • Lessells, R.
  • Nkengasong, J.
  • Wilkinson, E.

Rift Valley fever virus lineages from selected sites in Kenya, 1997–2020

  • Limbaso, K.
  • Juma, John
  • Langat, S.
  • Roesel, Kristina
  • Sang, R.
  • Bett, Bernard K.
  • Oyola, Samuel O.